Компания заключила госконтракт на разработку НИОКР и столкнулась с вопросом: как правильно организовать раздельный учет НДС по облагаемым и необлагаемым операциям в рамках гособоронзаказа? Разбираем, какие льготы по НДС применимы к НИОКР, обязателен ли раздельный учет именно в контексте ГОЗ и как рассчитать пропорцию для учетной политики.
Налоговым кодексом предусмотрено освобождение от НДС ряда операций, встречающиеся в гособоронзаказе (ГОЗ). В частности, не облагается НДС реализация НИОКР, выполняемых за счёт средств бюджетов. Соответственно, если НИОКР финансируется из федерального бюджета в рамках ГОЗ, исполнитель вправе не начислять НДС – но обязан вести раздельный учёт.
Кроме этого кодексом предусмотрено, что не подлежат налогообложению НДС НИОКР, относящиеся к созданию новых продукции и технологий или к усовершенствованию производимой продукции и технологий. При этом данное освобождение применяется организациями-исполнителями независимо от источника финансирования.
Специалисты СТЕК, проанализировав условия гос контракта, спецификации по НИОКР, предполагаемые расходы по гос контракту, и на основании норм НК РФ указали, что Кодексом закреплена обязанность налогоплательщиков по ведению раздельного учета облагаемых и необлагаемых НДС операций. При этом не установлены особенности ведения раздельного учета НДС при наличии необлагаемых операций именно в рамках ГОЗ. Соответственно, критерием ведения раздельного учета является наличие облагаемых и необлагаемых операций вне зависимости от того по какому именно договору они осуществляются, в данном случае в рамках ГОЗ.
Следовательно, если приобретаемые товары (работы, услуги) используются в операциях, облагаемых налогом, то суммы НДС по ним принимаются к вычету, если же используются в необлагаемых, в том числе в рамках ГОЗ по НИОКР, то суммы НДС учитываются в их стоимости. А по расходам, которые относятся и к облагаемой и к необлагаемой деятельности, считаем пропорцию в порядке, установленном принятой организацией учетной политикой.
Специалисты СТЕК предложили варианты методики расчета пропорции для целей раздельного учета НДС, которую необходимо закрепить в учетной политике.
Почему это важно для исполнителей ГОЗ
Отсутствие раздельного учета или ошибки в его организации – одно из самых частых нарушений, выявляемых при налоговых проверках исполнителей гособоронзаказа. Последствие – отказ в вычете НДС по всем "смешанным" расходам, а не только по спорной части, а также риски доначислений и штрафов. При этом закон не даёт готовой методики расчета пропорции – её нужно разработать и закрепить в учетной политике самостоятельно, с учетом специфики контракта.

